Le système de santé de la Guinée a été dévasté par l'épidémie d'Ebola qui a balayé le pays fin 2014 et début 2015. Plus de 11 300 personnes sont mortes en Guinée et dans les pays voisins du Liberia et de la Sierra Leone, qui se relèvent lentement de cette crise.

À l'occasion d'une réunion le 30 mars avec Alpha Condé, le Président guinéen, le Directeur exécutif de l'ONUSIDA Michel Sidibé a salué les efforts entrepris par le gouvernement et ses partenaires pour répondre à la crise et contenir la propagation du virus Ebola. M. Sidibé a déclaré que l'épidémie de sida et celle d'Ebola étaient similaires sur de nombreux aspects, entre le caractère généralisé de la stigmatisation et de la discrimination dont sont victimes les personnes atteintes et les difficultés qu'elles posent en termes médicaux. Il a également félicité le gouvernement pour son engagement soutenu en faveur de la fin de l'épidémie de sida et évoqué les plans de celui-ci pour le renforcement des investissements nationaux dans les services et programmes anti-VIH dans tout le pays.

Lors d'entretiens avec le Premier ministre, la Ministre des Affaires étrangères et le Ministre de la Santé dans le cadre de sa visite de trois jours dans le pays, M. Sidibé a souligné l'importance d'un investissement massif et soutenu en faveur de la fin de l'épidémie de sida. En compagnie de la Première dame de Guinée, Djene Kaba Condé, il a parlé de la santé maternelle et infantile et des mesures requises pour s'assurer que tous les bébés naissent sans le VIH et que leurs mères restent en bonne santé.

La Guinée propose un traitement antirétroviral gratuit à toutes les personnes vivant avec le VIH. En 2014, la couverture était estimée à 27 % sur les 120 000 personnes vivant avec le VIH.